Python как остановить цикл по клику пункта меню?

Одна опечатка и одна принципиальная ошибка.

Опечатка в присваивании:

    if work:
        work==False   # должно быть просто =

А ошибка в том, что вы снова вызываете move_clockwise() в конце функции def move_counterclockwise(). В результате функции уходят в рекурсию и никогда не возвращаются в цикл проверки условия на останов:

    while work:
        move_clockwise()

Ну и work = True надо бы добавить в начало def start(event):. Чтобы можно было снова запустить движение овала.

Ну а вообще, код можно подсократить. И останавливаться мгновенно.

from tkinter import *
import random
import time
#from PIL import ImageTk, Image
root = Tk()
root.title("Лабораторная работа №4")
root.geometry('360x360')

width=360
height=360
sleep=0.02
step=15
work=False

c = Canvas(root, width=width, height=height, bg="white")
c.place(x = 0, y = 0)
oval = c.create_oval(0, 0, 30, 30, fill='green')

def move(figure):
    while True:
        for vertical, increment in ((False, +1), (True , +1), (False, -1), (True , -1),  # по часовой
                                    (True , +1), (False, +1), (True , -1), (False, -1)): # против часовой
            for i in range(((height if vertical else width) - 30) // step):
                if not work: 
                    c.coords(figure, 0, 0, 30, 30)
                    return
                c.move(figure, (0 if vertical else 1) * step * increment, (1 if vertical else 0) * step * increment)
                root.update()
                time.sleep(sleep)


def start(event):
    global work
    if not work:
        work = True
        move(oval)

def stop():
    global work
    work = False


#Заполнение матрицы
for x in range(6):
    for y in range(6):
        text=c.create_text(30+60*x, 30+60*y, text=str(random.randint(0,99)))

c.bind('<Double-Button-1>', start)

menu=Menu(root)
root.config(menu=menu)
menu.add_command(label="Stop", command=stop)

root.mainloop()

К тому же задание довольно невнятное. С учётом того, что движение должно происходить с дискретом 0.8 секунды (а это довольно большая пауза), возможно имелось ввиду, что овал должен прыгать по элементам матрицы. И в таком случае time.sleep() вообще применять нельзя, т.к. он будет фризить интерфейс на это время. Нужно использовать функцию after() для отложенного запуска следующего перемещения. Например, с использованием генератора, код может выглядеть так:

from tkinter import *
import random
import time
#from PIL import ImageTk, Image
root = Tk()
root.title("Лабораторная работа №4")

sleep = 0.8
step = 60
oval_size = 40
matrix_size = {"W":6, "H":6} # width, height
offset = (step - oval_size) // 2
work = False

root.geometry(f'{matrix_size["W"] * step}x{matrix_size["H"] * step}')
c = Canvas(root, width=matrix_size["W"] * step, height=matrix_size["H"] * step, bg="white")
c.place(x = 0, y = 0)
oval = c.create_oval(offset, offset, offset + oval_size, offset + oval_size)

def move(gen=None):
    if work: 
        next(gen)
        root.after(int(sleep*1000), lambda: move(gen))

def move_generator():
    while True:
        for vertical, increment in ((False, +1), (True , +1), (False, -1), (True , -1),  # по часовой
                                    (True , +1), (False, +1), (True , -1), (False, -1)): # против часовой
            for i in range(matrix_size["H" if vertical else "W"] - 1):
                c.move(oval, (0 if vertical else 1) * step * increment, (1 if vertical else 0) * step * increment)
                yield


def start(event):
    global work
    if not work:
        work = True
        move(move_generator())

def stop():
    global work
    work = False
    c.coords(oval, offset, offset, offset + oval_size, offset + oval_size)


#Заполнение матрицы
for x in range(6):
    for y in range(6):
        text=c.create_text(30+60*x, 30+60*y, text=str(random.randint(0,99)))

c.bind('<Double-Button-1>', start)

menu=Menu(root)
root.config(menu=menu)
menu.add_command(label="Stop", command=stop)

root.mainloop()

Оно же без использования генератора.

from tkinter import *
import random
import time

root = Tk()
root.title("Лабораторная работа №4")

sleep = 0.8
step = 60
oval_size = 40
matrix_size = {"W":6, "H":6} # width, height
offset = (step - oval_size) // 2
work = False

root.geometry(f'{matrix_size["W"] * step}x{matrix_size["H"] * step}')
c = Canvas(root, width=matrix_size["W"] * step, height=matrix_size["H"] * step, bg="white")
c.place(x = 0, y = 0)
oval = c.create_oval(offset, offset, offset + oval_size, offset + oval_size)

movements = []
for vertical, increment in ((False, +1), (True , +1), (False, -1), (True , -1),  # по часовой
                            (True , +1), (False, +1), (True , -1), (False, -1)): # против часовой
    for i in range(matrix_size["H" if vertical else "W"] - 1):
        movements.append(((0 if vertical else 1) * step * increment, (1 if vertical else 0) * step * increment))


def move(pos=0):
    if work: 
        c.move(oval, *movements[pos])
        root.after(int(sleep*1000), lambda: move( (pos+1) % len(movements) ))


def start(event):
    global work
    if not work:
        work = True
        move()

def stop():
    global work
    work = False
    c.coords(oval, offset, offset, offset + oval_size, offset + oval_size)


#Заполнение матрицы
for x in range(6):
    for y in range(6):
        text=c.create_text(30+60*x, 30+60*y, text=str(random.randint(0,99)))

c.bind('<Double-Button-1>', start)

menu=Menu(root)
root.config(menu=menu)
menu.add_command(label="Stop", command=stop)

root.mainloop()