как отличить проект каторый создан с помошю CRA(Create React App) от того что написан руками

Согласно документации react-scripts это пакет, который включает скрипты и конфигурации для create-react-app

Посмотрите в файл package.json в корне проекта.

Если там есть пакет react-scripts значит проект создан через команду create-react-app.

и еше вопрос, можно ли создать через CRA и добавить свои webpack config-и, не трогая то что есть в CRA(то есть без eject команды)

Да, можно, но только используя другие библиотеки.

react-app-rewired

customize-cra