Как обратиться к файлам на сервере (Flask, Python3)

Все что требуется - задать в файле конфигурации константу UPLOAD_FOLDER, в которой должен быть задан путь до директории с вашими файлами, а также добавить подобный контроллер:

@app.route("/uploads/<path:name>")
def download_file(name):
    return send_from_directory(
        directory=app.config['UPLOAD_FOLDER'], filename=name, as_attachment=True
    )

path - Путь к файлу относительно каталога, заданного в UPLOAD_FOLDER; name - Название файла.

За дополнительной информацией вы можете обратиться к документации.