как очистить консольное окно из скрипта python

Вы можете использовать проверку:

import os
import platform

command = ""

system = platform.system()
if system == "Windows":
    command = "cls"
elif system == "Linux":
    command = "clear"
os.system(command)

Отчистит экран и в Windows и в Linux и в BSD и даже в MacOS

import os

# Для поддержки VT100 в Windows
os.system('')

# Отчистит экран
print('\x1b[2J')

# Поднимет курсор в левый верхний угол
print('\x1b[H')