как сделать так, чтобы консольное приложение c# не останавливалось при клике мышкой на консоль?

Можно попробовать полностью отключить возможность выделения мышью. Если нажать правой кнопкой на заголовке окна и перейти в Свойства то можно увидеть галочку в чекбоксе Выделение мышью. Её нам и необходимо будет убрать.

Для этого создадим такой статический класс, в котором будем устанавливать или снимать эту галочку:

static class ConsoleQuickEdit
{
    const uint ENABLE_QUICK_EDIT = 0x0040;

    const int STD_INPUT_HANDLE = -10;

    [DllImport("kernel32.dll", SetLastError = true)]
    static extern IntPtr GetStdHandle(int nStdHandle);

    [DllImport("kernel32.dll")]
    static extern bool GetConsoleMode(IntPtr hConsoleHandle, out uint lpMode);

    [DllImport("kernel32.dll")]
    static extern bool SetConsoleMode(IntPtr hConsoleHandle, uint dwMode);

    internal static bool Unset()
    {
        IntPtr consoleHandle = GetStdHandle(STD_INPUT_HANDLE);

        // Получаем текущий режим
        uint consoleMode;
        if (!GetConsoleMode(consoleHandle, out consoleMode))
        {
            // ОШИБКА: невозможно получить текущий режим
            return false;
        }

        // Очищаем бит, отвечающий за выделение мышью
        consoleMode &= ~ENABLE_QUICK_EDIT;

        // Устанавливаем новый режим
        if (!SetConsoleMode(consoleHandle, consoleMode))
        {
            // ОШИБКА: Невозможно установить новый режим
            return false;
        }

        return true;
    }

    internal static bool Set()
    {
        IntPtr consoleHandle = GetStdHandle(STD_INPUT_HANDLE);

        // Получаем текущий режим
        uint consoleMode;
        if (!GetConsoleMode(consoleHandle, out consoleMode))
        {
            // ОШИБКА: невозможно получить текущий режим
            return false;
        }

        // Устанавливаем бит, разрешающий выделение мышью
        consoleMode |= ENABLE_QUICK_EDIT;

        // Устанавливаем новый режим
        if (!SetConsoleMode(consoleHandle, consoleMode))
        {
            // ОШИБКА: Невозможно установить новый режим
            return false;
        }

        return true;
    }
}

Соответственно его нужно будет вызвать в начале работы программы:

class Program
{
    static void Main(string[] args)
    {
        ConsoleQuickEdit.Unset();

        int i=0;
        while(i<10000)
        {
            Console.WriteLine(i++);
        }

        ConsoleQuickEdit.Set();
        while (true)
        {
        
            Console.WriteLine(i++);
        }
    }
}

Во время выполнения программы, можно попробовать открыть окно свойства и проверить, что галочка с Выделение мышью снята.