Как понять что программа на удалённом сервере linux закончила работу

Подключаюсь к серверу по ssh. Сервер на линукс и видимо с bash Есть программа (HISAT2) и файлы которые надо ей обработать, причём обработка одного файла занимает довольно много времени После команды в терминале hisat2 не даёт никакой обратной связи, т.е. просто пустая строчка + нельзя ввести никаких команд Через минут пять подключение по ssh отваливается, программа работу свою по идее доводит до конца, создаёт файл вывода

Вопрос: как после переподключения определить, что процесс выполнения команды завершён? Потому что файл вывода может создаваться ещё до завершения записи в него И при этом на сервере может быть несколько работающих с этой программой (в разных директориях)