snakemake: передача списка всех файлов директории в input
Сразу прошу прощения за уровень вопроса, я новичок. Пытаюсь освоить snakemake и, заодно, click. Подскажите, пожалуйста, на данном примере, как можно передать в импорт все файлы в директории и направить этот список в python скрипт?
Snakemake:
path_1 = 'data/raw/data2process/'
path_2 = 'data/raw/table.xlsx'
rule:
input:
list_of_pathes = "list of all pathes to .xlsx/.csv/.xls files from path_1"
other_table = path_2
output:
{some .xlsx file}
shell:
"script_1.py {input.list_of_pathes} {output}"
"script_2.py {input.other_table} {output}"
script_1.py:
@click.command()
@click.argument(input_list_of_pathes, type=*??*)
@click.argument("out_path", type=click.Path())
def foo(input_list_of_pathes: list, out_path: str):
df = pd.DataFrame()
for path in input_list_of_pathes:
table = pd.read_excel(path)
**do smthng**
df = pd.concat([df, table])
df.to_excel(out_path)
script_2.py:
@click.command()
@click.argument("input_path", type=type=click.Path(exist=True))
@click.argument("output_path", type=click.Path())
def foo_1(input_path: str, output_path: str):
table = pd.read_excel(input_path)
**do smthng**
table.to_excel(output_path)