Присваивание значения переменной пользователем (java)

Вы можете распарсить входные аргументы и инициализировать необходимые переменные после этого

java Program --current-folder=C:/MAIN --next-folder=C:/MAIN/NEXT


public class Main {
    public static void main(String[] args) {
       String current_folder = args[0].substring(args[0].indexOf('=')+1, args[0].length()); 
       String next_folder = args[1].substring(args[1].indexOf('=')+1, args[1].length());
       System.out.println(current_folder);
       System.out.println(next_folder);
    }
}

Вывод:

C:/MAIN
C:/MAIN/NEXT