IntelliJ IDEA перестал при коммите игнорировать предупреждения, связанные с особеностями работы Spring

При использовании возможностей Spring (@Autowired и т.п.) обычно появляются варнинги например:

Class "ClassName" is never used. 

Которые обычно сами подавляются и при попытке коммита не всплывают.
Однако теперь они не подавляются

Чего хотелось бы чтобы не происходило, так как не хочу пропустить серьёзную ошибку.
Произошло это примерно после того, как у меня возникла проблема с пушем коммитов на сервер из-за переустановки операционной системы.

UPD:

Речь про то, что IDEA при анализе кода перестала учитывать бины, объявленные с помощью аннотации @Autowired и пр. и начала сыпать Warning'ами, которые не отражают реальное положение вещей.

...видимо я не совсем ясно выразился. Дело в том, что spring реализует инверсию контроля, беря на себя "впрыскивание" зависимостей (с помошью @Autowired и т.п.). Однако в таком случае джаваский компилятор ругается, так как не видит явного создания и размещения объектов. Подобные варнинги раньше подавлялись самостоятельно, но перестали
© BITniki