В чем отличия расширений .phtml и .html.php?

Начнём с того, что это: .html.php не расширение) По факту тут написано расширение php. Отличий может вообще не быть, если сервер настроен на обработку обоих расширений как интерпретируемых. По умолчанию, обычно, php железно интерпретируется, а остальное может быть донастроено. Как по мне, использование phtml может быть оправдано разве что для использования в представлениях данных, в шаблонах и т.д., а php исключительно с пхп кодом, типа контроллеров, сервисов, моделей и т.д. Т.е. эдакое визуальное раздеделние в проекте. Но по факту phtml нафиг не нужен. Только для визуального морального удовлетворения и какого-то своего перфекционизма разделения. Как по мне - можно использовать везде файлы с расширением php и не париться. А сервер можно настроить на что угодно.