Зачем нам выдаётся PIN при запуске Flask сервера?

Это секретный код для доступа к дебаггеру Werkzeug (находится в зависимостях Flask). Debugger PIN - это просто дополнительный уровень безопасности на случай, если вы случайно запустите приложение в режиме DEBUG на рабочем сервере. Сделано для того, чтобы злоумышленнику было сложнее получить доступ к чувствительной информации программы.

Разумеется, никогда не используйте DEBUG на боевом сервере!

Подробнее про debug mode в документации.
Аналогичный вопрос на английском StackOverflow.