Нужна помощь в правке кода дешифровщика цезаря

Я написал код, который должен шифровать и дешифровать методом цезаря. Код работает, но не все буквы дешифрует корректно. А так же метод статического подбора дешифрует полную ерунду. Прошу помочь найди ошибки.

    public static void main(String[] args) {
        char[] russianAlphabet = {'а', 'б', 'в', 'г', 'д', 'е', 'ё', 'ж', 'з', 'и', 'й', 'к', 'л', 'м', 'н', 'о', 'п', 'р', 'с', 'т', 'у', 'ф', 'х', 'ц', 'ч', 'ш', 'щ', 'ъ', 'ы', 'ь', 'э', 'ю', 'я', '.', ',', ':', '!', '?', ' ', '-'};
        int shift = getShiftFromConsole();
        String inputFilename = "text.txt";
        String outputFilename = "output.txt";

        try {
            String plaintext = readFromFile(inputFilename).toLowerCase();
            String ciphertext = encrypt(plaintext, shift, russianAlphabet);
            writeToFile(outputFilename, ciphertext);
            System.out.println("Шифрованный текст успешно записан в файл " + outputFilename);

            String decryptedText = decrypt(ciphertext, shift, russianAlphabet);
            System.out.println("Расшифрованный текст: " + decryptedText);

            char mostFrequentLetter = findMostFrequentLetter(decryptedText, russianAlphabet);
            int mostFrequentIndex = indexOf(russianAlphabet, mostFrequentLetter);
            int statisticalShift = (mostFrequentIndex - indexOf(russianAlphabet, 'о') + russianAlphabet.length) % russianAlphabet.length;
            String statisticalDecryptedText = decrypt(ciphertext, statisticalShift, russianAlphabet);
            System.out.println("Расшифрованный текст методом статистического анализа: " + statisticalDecryptedText);
        } catch (IOException e) {
            System.out.println("Ошибка: " + e.getMessage());
        }
    }
    //функция getShiftFromConsole(), позволяет пользователю ввести размер сдвига с консоли.
    public static int getShiftFromConsole() {
        Scanner scanner = new Scanner(System.in);
        System.out.print("Введите размер сдвига: ");
        int shift = scanner.nextInt();
        scanner.close();
        return shift;
    }
    //Для работы с файлами используются методы readFromFile и writeToFile, которые считывают данные из файла и записывают данные в файл соответственно.
    public static String readFromFile(String filename) throws IOException {
        BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(filename));
        StringBuilder stringBuilder = new StringBuilder();
        String line;
        while ((line = reader.readLine()) != null) {
            stringBuilder.append(line.toLowerCase());
        }
        reader.close();
        return stringBuilder.toString();
    }

    public static void writeToFile(String filename, String content) throws IOException {
        FileWriter writer = new FileWriter(filename);
        writer.write(content);
        writer.close();
    }

    public static String encrypt(String plaintext, int shift, char[] alphabet) {
        StringBuilder ciphertext = new StringBuilder();
        for (int i = 0; i < plaintext.length(); i++) {
            char currentChar = plaintext.charAt(i);
            if (Character.isLetter(currentChar)) {
                char encryptedChar = alphabet[(indexOf(alphabet, currentChar) + shift) % alphabet.length];
                ciphertext.append(encryptedChar);
            } else {
                ciphertext.append(currentChar);
            }
        }
        return ciphertext.toString();
    }

    public static String decrypt(String ciphertext, int shift, char[] alphabet) {
        StringBuilder plaintext = new StringBuilder();
        for (int i = 0; i < ciphertext.length(); i++) {
            char currentChar = ciphertext.charAt(i);
            if (Character.isLetter(currentChar)) {
                char decryptedChar = alphabet[(indexOf(alphabet, currentChar) - shift + alphabet.length) % alphabet.length];
                plaintext.append(decryptedChar);
            } else {
                plaintext.append(currentChar);
            }
        }
        return plaintext.toString();
    }

    public static int indexOf(char[] array, char element) {
        for (int i = 0; i < array.length; i++) {
            if (array[i] == element) {
                return i;
            }
        }
        return -1;
    }
    //Функция findMostFrequentLetter(), находит наиболее часто встречающуюся букву в тексте.
    //Затем  использует эту информацию для вычисления сдвига методом статистического анализа и расшифровки текста.
    public static char findMostFrequentLetter(String text, char[] alphabet) {
        int[] frequency = new int[alphabet.length];
        for (int i = 0; i < text.length(); i++) {
            char currentChar = text.charAt(i);
            int index = indexOf(alphabet, currentChar);
            if (index != -1) {
                frequency[index]++;
            }
        }
        int maxFrequencyIndex = 0;
        for (int i = 1; i < frequency.length; i++) {
            if (frequency[i] > frequency[maxFrequencyIndex]) {
                maxFrequencyIndex = i;
            }
        }
        return alphabet[maxFrequencyIndex];
    }
}````
Расшифрованный текст: част, перва?-   -- ну что, кн?з,, гену? и лукка стали не бол,ше как помест,?, помест,? фамилии буонапарте. нет, ? вам вперед говор!, если в. мне не скажете, что у нас война, если в. позволите себе защищат, все гадости, все ужас. :того антихриста (право, ? вер!, что он антихрист), -- ? вас бол,ше не зна!, в. уже не друг мой, в. уже не мой верн.й раб, как в. говорите. ну, здравствуйте, здравствуйте. ? – 
Никита Кузьмищев
 2 минуты назад   Править   
а вот методом статистического подбора .хэх,а? вабх,.: ю а?!!.:.   -- ч. ш?б?ч.? -- а -?аю, ?! ьъ!в, ?цч?щ? ъъ чэш,?щ?:. .!?э, ю  ?,юб б?-? ,юч? !хщъ, ач?я -ъщю!ш?б, .?б?-.я в !ъш?  ?-!?ч?:в ц., щ,ю!!ъъ  ?б?., ю,  вбх?а, ч !ъ:,  ?цъьх, !х .-.,,е? эх .!?шю!ъя, .?б?-в! ,х.ъя  ?щахьючх, чх " х-хэч?,,бъ, авщх-,"  -?эчвёх,? бх.ю: д?,?щ!.:  -ъэ-ъ!юъ:, ёб? .!?э, ю  ?,юб ё-ъэч.ёхя!? б?-? ,юч?  ?аб?-?!ю,а?, абх, юэчю!?б,а? ю !ъ-чюёъа.ю  ъ-ъ.хёючхб,а? а !?шю !х !?шв, .х. цвщб? ?б