python import module issue

Время от времени сталкиваюсь с проблемой импортов в python получая ошибки

ImportError: No module named 'xxxx'

имею приблизительно следующую стутуру проекта

my_project/
│
├── src/
│   ├── __init__.py
│   ├── main.py
│   └── module1.py
│
├── utils/
│   ├── __init__.py
│   ├── logger.py
│   └── constants.py
│
├── logs/
│   ├── __init__.py
│   └── app.log
│
├── config/
│   ├── __init__.py
│   └── config_file.yaml
│
├── run.sh
├── README.md
├── requirements.txt

версия python 3.5 запускаю через sh

~/scripts/env/bin/python ~/scripts/en/my_project/src/main.py

в каталогах где присутствуют файлы для импорта добавил пустые файлы __init__.py это к сожалению не помогает, при запуске получаю ошибки

.../src/main.py", line 4, in <module>
    from utils.logger import info, error
ImportError: No module named 'utils'

Просьба, подсказать, как можно решить данную проблему с импортами?