Как проверить в Doctrine что строка всё ещё есть в наличии в таблице БД?

Я не совсем новичок в Doctrine, в частности, я более-менее знаю, как использовать методы refresh() и flush(). Однако, как я сейчас проверил в ходе эксперимента, refresh() не упадёт с ошибкой, если строка, соответствующая загруженной Entity, была удалена (например, напрямую в БД администратором или другим скриптом).

Я понимаю, что это сделано не просто так, и на то есть причины. Однако это приводит меня к следующему вопросу.

В системе существует длительный процесс (их может исполняться несколько параллельно), запускающийся через php-cli и работающий примерно 12-15 минут. В начале него создаётся три разных entity и делается flush. В первой таблице хранится основной набор данных, по ходу процесса в другой связанной таблице обновляется специальное поле со статусом процесса. В третьей таблице создаётся строка, куда потом будут записаны результаты операции. Соответственно, на каждый активный процесс существует по одной строке в каждой из трёх таблиц (для завершённых ранее процессов все эти строки тоже существуют, в этих связках статус во второй таблице равен "Finished").

Я подумал, что возможно, было бы реальным решением убивать процесс не через sudo kill {PID} (PID известен и хранится в БД в одной из таблиц), добавляя пользователя www-data в список sudoers на сервере, а просто удаляя строчку в базе данных (во всех трёх таблицах, так как там равные Primary Key) через интерфейс админа системы, а в цикле внутри длительного скрипта проверяя, не была ли удалена данная строка. Однако refresh() "не видит" удаления строки из БД.

Как я должен поступить в таком случае? Предпочтительнее ли использовать sudo kill, или я должен создать дополнительную колонку в таблице, назвать её is_stopped и после вызова resresh() проверять уже её значение?