Расположение одного виджета над другим, PyQt

Sorry, вы не достаточно хорошо описываете проблему и то что вы хотите сделать.

Вы и так рисуете поверх label, т.к. объект self.canvas это и есть переопределенный класс QLabel().

Вы видимо хотите чтобы в вашем примере рисовалось и поверх объекта label, который вы создаете в методе test().
Но так не получится, т.к. вы рисуете на объекте self.canvas, а объект label расположен над объектом self.canvas но другой плоскости.

Если реализовывать ваш пример, то добавочный текст, на котором вы также хотите рисовать - необходимо также рисовать на объекте self.canvas, используя drawText.
Добавление дополнительного текста, для демонстрации вышесказанного, я реализовал в методе mousePressEvent(self, event) по нажатию ПРАВОЙ кнопки мыши.

Теперь по добавленному тексту можно рисовать сверху и еще если вы кликните ПКМ по уже нарисованному, то этот текст отобразится поверх рисунка.

Поменяйте то что необходимо для PyQt6 и попробуйте:

'''
from PyQt6.QtWidgets import (QApplication, QWidget, 
    QToolBar, QMainWindow, QLabel, QScrollArea, QToolBar)
from PyQt6.QtGui import QImage, QAction, QKeySequence, \
    QColor, QPixmap, QPainter, QPen
from PyQt6.QtCore import Qt, QPoint, QSize, QRect
'''
import sys
from PyQt5.Qt import *


class Canvas(QLabel):
    def __init__(self):
        super().__init__()
        self.drawing = False
        self.last_coords = None
        self.leftButton = False                                # +++ 
        self.setStyleSheet("background-color: #E0FFFF")
        self.setScaledContents(False)
        
        pixmap = QPixmap(2000, 1000)
        pixmap.fill(QColor('transparent'))
        self.setPixmap(pixmap)

        self.test()
    
#?    def minimumSize(self):
#?        print(1)
#?        return QSize(500, 500)

    def set_drawing(self, drawing):
        self.drawing = drawing

    def mousePressEvent(self, event):
        if event.button() == Qt.RightButton:
            self.last_coords = event.pos()  
            canvas = self.pixmap()
            painter = QPainter(canvas)
            painter.setPen(QColor(250, 55, 55))
            painter.setFont(QFont('Decorative', 18))
            painter.drawText(self.last_coords, 
                f'вы кликнули: {self.last_coords.x()}/{self.last_coords.y()}')        
            painter.end()
            self.setPixmap(canvas)
        if event.button() == Qt.LeftButton:                     # +++ 
            self.leftButton = True                              # +++ 

    def mouseMoveEvent(self, e):
# ------------------------> vvvvvvvvvvvvvvv <-------------------# +++ 
        if self.drawing and self.leftButton:
            if self.last_coords is None:
#                self.last_coords = e.position()             # PyQt6
                self.last_coords = e.pos()                   # PyQt5
                return
            canvas = self.pixmap()
            painter = QPainter(canvas)
            pen = painter.pen()
            pen.setWidth(7)
            pen.setColor(QColor('black'))
            painter.setPen(pen)
#            painter.drawLine(self.last_coords, e.position()) # PyQt6
            painter.drawLine(self.last_coords, e.pos())       # PyQt5
            painter.end()
            self.setPixmap(canvas)
#            self.last_coords = e.position()                  # PyQt6
            self.last_coords = e.pos()                        # PyQt5

    def mouseReleaseEvent(self, e):
        self.last_coords = None
        self.leftButton = False                               # +++ 

# ------> v v <----------------------------------------------------
#   def reziseEvent(self, e):
    def resizeEvent(self, e):           # ??? для чего в этом классе
        print(f'resizeEvent(self, e): {e.size()}') 
        super().resizeEvent(e)

    def test(self):
        label = QLabel('<H2 style="color: rgb(250, 55, 55);">Hello test</H2>', self)
        label.move(50, 50)
        self.show()


class NoteEditor(QMainWindow):
    def __init__(self):
        super().__init__()

        self.toolbar = QToolBar('Интрументы')
        self.addToolBar(self.toolbar)

        is_drawing_action = QAction('Рисовать', self)
        is_drawing_action.setCheckable(True)
        is_drawing_action.triggered.connect(self.set_drawing_action)

        self.toolbar.addAction(is_drawing_action)
        
# ?      widget = QWidget()
        scroll = QScrollArea()
        self.canvas = Canvas()
        scroll.setWidget(self.canvas)
        self.setCentralWidget(scroll)

    def set_drawing_action(self, state):
        #print(state)
        self.canvas.set_drawing(state)


if __name__ == "__main__":
    app = QApplication(sys.argv)
    window = NoteEditor()
    window.setWindowTitle('Note editor')
    window.resize(800, 600)
    window.show()
    sys.exit(app.exec())

Нашёл решение с помощью использования lower и raise_. Главное чтобы располагались в одном родительском виджете.

Нужно было просто поднять PaintCanvas с помощью raise_. Спасибо кто помогал!